La institución resurgió en 1835, denominándose primero Ateneo Científico y Literario, y más tarde Ateneo Científico, Literario y Artístico de Madrid, que luego dio origen a un modelo replicado en otras ciudades de España. En las nuevas naciones al otro lado del Atlántico, de hecho, también fueron apareciendo ateneos importantes en Argentina, México y más tarde en Venezuela.
La primera Sección Iberoamericana en Madrid, que ahora tomará un fuerte impulso de la mano de Cordeiro, desarrolló sus actividades entre 1923 y 1936, contando con intelectuales de ambos lados del Atlántico como Rafael Altamira y Crevea, Rufino Blanco Fombona, Alfonso Reyes y Ramón José Sender, antes de ser cerrado durante la guerra civil y el franquismo.
En 1988 renacía la Sección Iberoamericana con la participación de importantes figuras como Paulo Freire, Augusto Roa Bastos y Leopoldo Zea. Desde entonces, esta área ha seguido activa realizando eventos para unir a los iberoamericanos de los dos continentes, algo que ahora se hará si cabe más intensivo con un intelectual convencido del progreso, también en el ámbito de la cultura, siempre desde el respeto a los principios democráticos y el fomento del espíritu crítico y el propio pensamiento.